[关键词]
[摘要]
目的通过生信分析筛选参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因,并预测具有防治作用的中药。 方法从基因表达综合数据库(Gene expression omnibus database,GEO)下载炎症性肠病芯片GSE75214 及结 直肠癌芯片GSE44861, 使用R 软件筛选共同差异表达基因(Differential expressed genes, DEGs); 通过 STRING 11.0 数据库及Cytoscape 3.7.2 软件分析DEGs 中的关键基因;利用GraphPad Prism 9.0.2 软件分别验证 关键基因在炎症性肠病芯片GSE9452 及Oncomine 数据库结直肠癌数据集中的表达情况,最终获得参与炎症性 肠病-结直肠癌转化的关键基因。将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical),筛选具有防治 作用的中药。结果共筛选出参与炎症性肠病-结直肠癌转化的差异基因173 个,筛选并验证后得到9 个关键 基因,包括CD44、CXCL8、TIMP1、COL1A1、CXCL1、MMP3、PTGS2、MMP7、SERPINE1,其生物作用主 要涉及细胞外基质形成与降解、炎性反应、血栓形成。筛选得到包括黄芩、大黄、山慈菇等在内的具有防治炎 症性肠病-结直肠癌转化作用的中药共58 味。结论基于生信分析初步预测得到参与炎性肠病-结直肠癌转化 的关键基因及具有防治作用的中药,可为相关中药新药开发提供靶标及研究思路。
[Key word]
[Abstract]
[中图分类号]
R285.5;R857.3
[基金项目]
国家自然科学基金项目(82074382);周岱翰国医大师传承工作室项目(20200886);深圳“三名工程”广州中医药大学周岱翰国医大师 中医肿瘤团队项目(201876103);广州中医药大学一流学科研究重大项目(A1-AFD018181A29);岭南中医肿瘤学术流派传承工作室项目 (2016LPO3)。