目的克隆濒危南药青天葵黄酮类药效成分生物合成途径第一步关键酶——查尔酮合成酶（chalcone synthase, CHS）的编码基因，并分析其序列特征及编码蛋白的功能。方法在前期青天葵转录组测序获得的CHS基因序列片段的基础上，采用逆转录聚合酶链式反应（reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR）和cDNA末端快速扩增技术（rapid amplification of cDNA ends, RACE）从青天葵叶片中获取编码CHS的cDNA全长并克隆其编码区；利用生物信息学方法对其编码蛋白进行同源性比对和功能分析。结果克隆获得的青天葵CHS基因编码区长度为1173 bp，编码391个氨基酸。编码蛋白的氨基酸序列预测显示，青天葵CHS蛋白为酸性、亲水性蛋白，分子量约为96.9 kDa；不含有信号肽、转运肽和跨膜结构域，很可能定位于细胞质中；具有查尔酮合成酶保守功能域，归属于查尔酮合成酶超家族，与文心兰等同科植物CHS蛋白的同源性可达87%。结论成功克隆得到青天葵查尔酮合成酶基因，为后续的基因功能鉴定和生物合成调控奠定了基础。

广东省自然科学基金项目;广州中医药大学科技项目