系统生物学是从一个整体水平入手研究生物系统的一门新兴科学，其方法较多是利用建立网络的方法来诠释生命系统各组分的关系，而随着全基因组测序技术迅速发展和基因注释工作的完成，从基因注释出发建立的“基因组尺度代谢网络”因其跨学科地综合了生化和生物信息等技术，又具备了稳定性及其可运算性，使其成为当前研究最广泛而深入的研究项目，并且在代谢疾病研究、基因预测研究、生物工程等方面得到了广泛应用。当前中医药也处于继承与发展的关键时代，中医辨证思维和个性化医疗的传承和探究是中医药继承者一项大课题，基因组代谢网络恰好为中医药现代化提供了研究新思路和技术平台，其前景广阔而影响深远。如何结合现代生物信息技术，剖析中医本质内涵，是现代中医研究的主要内容。基因组代谢网络以其整体性和网络可联系性，与中医辨证观和整体观相通，这为用生物信息语言解读中医中药提供可能。本文将概述基因组规模代谢网络进展，并对其在中医药方面可能的应用进行分析展望。

华南中医药协同创新中心“中医药防治脾胃病、脑病创新研究团队项目”（E1-KFD015141K03）